โรงเรียนบ้านหนองปกติ ได้จัดสร้างขึ้นเมื่อวันที่ ๑ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๔๘๒ ครั้งแรกมีชื่อว่า โรงเรียนอาฮี ๓ บ้านหนองปกติ โดยมีนายอำเภอท่าลี่เป็นผู้ขอจัดตั้ง ด้วยความเห็นชอบของผู้ว่าราชการจังหวัดเลย ดำรงอยู่ด้วยเงินบำรุงการศึกษา ทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ – ๔ วันที่ ๑ พฤษภาคม ๒๔๘๒ ทำพิธีเปิดโรงเรียนโดยมีนายเสาร์ จันกอง ศึกษาธิการอำเภอท่าลี่เป็นประธานเปิด มีนายอิน จันทะเลาะและนายเรียน โสภาวัฒน์ เป็นครูกรรมการทำการสอน โดยมีนายอินทร์ อธิสุมงคล ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ เป็นคนแรก
วันที่ ๑๘ มกราคม พ.ศ ๒๔๙๕ นายอนันต์ ศรีสุวรรณ มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ นายไกรลาศ ชาญชัยและนายสุวัฒน์ กาษรสุวรรณ สารวัตรนักเรียน พร้อมด้วยชาวบ้านร่วมกันสร้างอาคารเรียนชั่วคราวแห่งใหม่สอนชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ - ๔ และต่อมานายอำเภอท่าลี่ได้ทำการสร้างศาลาประชาคมประจำหมู่บ้านและโรงเรียนได้อาศัยเป็นที่เล่าเรียนต่อมา
พ.ศ. ๒๕๐๙ โรงเรียนได้รับงบประมาณจากกระทรวงศึกษาธิการ จำนวน ๕๐,๐๐๐ บาท ปลูกสร้างอาคารถาวร แบบ ป.๑ ซ. จำนวน ๑ หลัง ๒ ห้องเรียน กว้าง ๘.๕๐ เมตร ยาว ๑๘ เมตร และมีพิธีมอบอาคารเรียนเป็นทางการ โดยมีนายอนันต์ ศรีสุวรรณ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ นายสุรเชษฐ ศรีสุวรรณ ศึกษาธิการอำเภอท่าลี่ เป็นประธานมอบอาคารเรียน
เดือน ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๓๔ ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนถาวร แบบ สปช. ๑๐๑/๒๖
จำนวน ๑ หลัง งบประมาณ ๗๐๐,๐๐๐ บาท
วันที่ ๑๗ พฤษภาคม ๒๕๔๒ โรงเรียนได้ทำโครงการเรียนร่วมกับโรงเรียนชุมชนบ้านอาฮี และได้นำนักเรียนชั้น ป.๔-๖ ไปเรียนร่วมกับโรงเรียนชุมชนบ้านอาฮี โดยทางราชการจ่ายค่าพาหนะให้รายหัวละ ๖ บาท ต่อคนต่อวัน และมีข้าราชการครูไปช่วยราชการที่โรงเรียนชุมชนบ้านอาฮี จำนวน ๒ คน คือ
นายกัมพล อากรตน และนางสุปราณี ทรงคาศรี
ปีการศึกษา ๒๕๔๕ ภาคเรียนที่ ๒ ทางราชการให้นำนักเรียนชั้น ป. ๔-๖ พร้อมครู ๒ คน กลับมาทำการเรียนการสอนที่โรงเรียนเดิม
ในปีการศึกษา ๒๕๔๖ ภาคเรียนที่ ๑ โรงเรียนได้รับอนุญาตจากสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาจังหวัดเลย ให้นำนักเรียนตั้งแต่ชั้นอนุบาล จนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ พร้อมคณะครู ๔ คน ไปเรียนร่วมกับโรงเรียนชุมชนบ้านอาฮี อีกครั้งหนึ่ง โดยมีนายเสมียน ขานอยู่ เป็นผู้อำนวยการ
เมื่อวันที่ ๑ กรกฏาคม พ.ศ. ๒๕๔๘ นายเสมียน ขานอยู่ ผู้อำนวยการสถานศึกษาบ้านหนองปกติ ได้รับคำสั่งย้ายสับเปลี่ยนกับนายสมัย โกศรีวงศ์ ผู้อำนวยการโรงเรียนชุมชนบ้านอาฮีและในเดือนกันยายน พ.ศ. ๒๕๔๘ นายสมัย โกศรีวงศ์ ผู้อำนวยการสถานศึกษาบ้านหนองปกติ เกษียณอายุราชการ และทางราชการได้มีคำสั่งแต่งตั้งนายกัมพล อากรตน รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการ
เมื่อวันที่ ๑ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๕๐ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาเลย เขต ๑ มีคำสั่งแต่งตั้งให้
นายทองอินทร์ อุบลชัย ตำแหน่ง ครู ค.ศ. ๒ โรงเรียนนาด้วงวิทยา อำเภอนาด้วง จังหวัดเลย มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองปกติ
วันที่ ๗ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๕๐ คณะกรรมการเขตพื้นที่การศึกษาเลยเขต ๑ มีมติให้คณะครูจำนวน ๔ คน พร้อมนักเรียนทั้งหมด จำนวน ๒๒ คน กลับมาทำการเรียนการสอนที่โรงเรียนเดิมตามความต้องการของชาวบ้าน ชุมชนและผู้ปกครองนักเรียน
ปัจจุบันโรงเรียนมีข้าราชการครูปฏิบัติการสอน ๔ คน เปิดทำการเรียนการสอนตั้งแต่ชั้น อนุบาล ๑ ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช ๒๕๕๑ (ปรับปรุง พุทธศักราช ๒๕๕๓)